Prije tri desetljeća, 7. kolovoza 1989., u Zagrebu je registriran Zagreb Airlines d.d. (Zagal), poduzeće za zračni prijevoz, koji je s radom počeo u prosincu iste godine, pružajući uslugu prijevoza poštanskih pošiljaka.

Otprilike godinu dana poslije, 23. srpnja 1990. godine, Zagal je promijenio ime u Croatia Airlines d.d., nacionalna aviokompanija za prijevoz putnika, robe i pošte. Prvi putnički let Croatia Airlinesa obavljen je 5. svibnja 1991. godine na liniji Zagreb – Split, čime je uspostavljen redoviti putnički promet unutar Hrvatske. 

Povezivanje Hrvatske sa svijetom počelo je 5. travnja 1992. godine prvim međunarodnim letom na liniji Zagreb – Frankfurt, a iste godine kompanija je počela stvarati vlastitu flotu nabavom zrakoplova Boeing 737-200.

Ubrzo su u flotu uključeni i zrakoplovi ATR42. Prva razvojna faza tvrtke završena je ciklusom obnove flote srednjeg doleta u razdoblju od 1998. do 2000. godine, kada su zrakoplovi Boeing  zamijenjeni sa šest novih zrakoplova Airbus (četiri A319 i dva A320).

Novo razvojno poglavlje predstavljala je obnova flote kratkog doleta (od 2008. do 2010. godine) uključenjem šest novih zrakoplova Dash 8-Q400 umjesto zrakoplova ATR42. U protekla tri desetljeća tvrtka je obavila ukupno 603.000 letova i u zrakoplovima prevezla ukupno 39,24 milijuna putnika.

Flota Croatia Airlinesa danas se sastoji od dvanaest zrakoplova: četiri Airbusa A319, dva Airbusa 320 i šest turboprop zrakoplova Dash 8-Q400. Tijekom ove sezone zrakoplovi lete u osam domaćih i 30 međunarodnih odredišta u redovitom prometu te izravno povezuju Hrvatsku s 24 države.

Povodom obljetnice, CA je redizajnirala vizual svojih zrakoplova te mobilnu aplikaciju.